3-1 全基因組de novo測序-標題圖

基因組de novo測序即從頭海南七星彩局网图纸測序,指不需要任何參考基因序列信息南国海南七星彩论坛808长条即可對某個物種⌒進行測序。PacBio第三代單分子』實時測序(SMRT)技術,基於長讀長、無GC偏向和無PCR擴增等優勢,有效解決了傳統二代測序技術●的組裝難題,大幅度提︾升了基因組組裝的各項指標。

小標題-產品優勢-中
能夠跨越GC含量異常和高重復序列,實現reads覆蓋的完整性和均一性;
大幅度提升海南七星彩开奖走势图表Contig N50、Scaffold N50指標,填補復雜區域缺@口;
實現更精確的基因組組裝,為近緣物種的基因組海南七星彩论坛谁头尾差異分析提供了更好海南七星彩lm0的解決方案。

小標題-技術路線-中

3-1 全基因組de novo測序-信息分析-小

小標題-測序策略-中

基因組復雜程度 組裝策略 測序策略 組裝指標
簡單基海南七星彩规律图1379因組:

基因組大小<2Gb; 重復序列比△例<50%; 雜合度<0.5%; 單倍體或二海南七星彩论坛火爆区倍體。

二+三 HiSeq PE250:450bp文庫 ≥50X

HiSeq PE150:2、5Kb文庫 ≥10X

PacBio Sequel:20Kb文庫 ≥40X

Contig N50≥100Kb

Scaffold N50≥1Mb

全三代 20Kb文庫≥70X Contig N50≥1Mb
復【雜基因組:

基因組大小>2Gb;

重復序列海南七星彩长条规律比例>50%;

雜合度>0.5%;

多倍體。

二+三 HiSeq PE250:450bp文庫 ≥50X

HiSeq PE150:2、5、8Kb文庫≥30X

PacBio Sequel:20Kb文庫 ≥50X

由於基因組復雜程度不同,組裝指標需根據樣本的具㊣體情況而定
全三代 20Kb文庫100X-150X
簡單/復雜基海南七星彩论坛<小男孩后两定>因組 BioNano

(可選)

≥150X,最好達到200X 提升scaffold組裝指標

小標題-樣品要求-中

圖標-NGS紫-樣品-小
gDNA
450bp文庫:總量≥2μg,濃度≥20 ng/μl
2、5kb文庫:總量≥5μg,濃度≥30 ng/μl
20kb文庫:總量≥30μg,濃度≥100 ng/μl

圖標-NGS紫-文庫-小

Illumina:450bp文庫
2、5Kb文庫
2、5、8Kb文庫
PacBio:20Kb文庫

小標題-案例分析-中
PacBio完成耐旱植物復活草基因組測序

復活草極其耐旱,它◇具有通過脫水變成完全幹燥、同時保持在有水時再復活的海南七星彩投注计划能力。研究↑人員采用三代測序(PacBio RS Ⅱ平臺,P6-C4試劑盒,15-20Kb文庫,32個SMRT cells,72X測序深度)測序海南七星彩大小走势图數據為基礎,二測測序(Illumina HiSeq平臺,570bp、1Kb、3Kb文庫,200X測序深度)評估三代組裝╳子的錯誤率以及基因組的雜合〖度,並結合BioNano構建基因組圖譜,對contigs進行anchoring和scaffolding的策略。研究人員組裝獲得了接近完成級的序列圖譜,包括gene space都無gap,在基因組草圖中很難獲得〗的端粒、著絲粒、轉座子海南七星彩开奖新结果元件級rRNA cluster都無gap。研究獲得的復活草這一高度耐旱物種的海南七星彩抓奖怎么抓基因組草圖,可有效推動作物海南七星彩1370规律图改良,為植物比較基因組學研究團隊提供有價值的資源。

3-1 全基因組de novo測序-案例分析-附圖1-小

PacBio跨越復活海南七星彩大公鸡规律表草復雜區域①

3-1 全基因組de novo測序-案例分析-附圖2-小

組裝完成的ぷ復活草基因組結構

VanBuren R, Bryant D, Micheal TP, Mockler TC. Singe-molecule sequencing of the desiccation-tolerant grass Oropetium thomaeum. Nature. 2015 Nov 11. doi: 10.1038/nature15714.